药师灌顶真言具有极大的功德利益。
据经典所述，若能念诵此咒，可消除病苦、延年益寿。
对于有病苦的人，若有人能一心一意地为其念诵此咒，并进行清净的澡漱，或给予药物、无虫水等，然后念咒一百遍，让病人服食，那么病人的所有病苦都将消灭。
此外，修持读诵此咒还能拔一切业障、消灾免难、护持身心安康，并得无量福慧。
命终之后，还能往生药师佛的净土，得不退转，直至成就菩提。
在念诵药师灌顶真言时，应保持内心的清净和专注，以虔诚的心态来修持。
同时，也可以结合药师佛的法门进行修行，以获得更大的功德利益。
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药师灌顶真言：
南谟薄伽伐帝。鞞杀社。窭噜薛琉璃。
钵喇婆。喝啰阇也。怛他揭多也。
阿啰喝帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。
唵。鞞杀逝。鞞杀逝。鞞杀社。三没揭帝莎诃。
药师灌顶真言注音：
nā mó bó qié fá dì。pí shā shè。jù lǔ bì liú lí。
bō lá pó。hé là shé yě。dá tuō jiē duō yě。
ā là hē dì。sān miǎo sān bó tuó yě。dá zhí tuō。
ōng。pí shā shì。pí shā shì。pí shā shè。sān mó jiē dì suō hē。
“南谟薄伽伐帝”，就是薄伽梵。南谟，归命，敬礼的意思。我们常常念咒语称佛号，南无，我归命敬礼。薄伽伐帝，就是世尊，南谟薄伽伐帝，我归命敬礼世尊。
“鞞杀社窭噜”，鞞杀社是药，窭噜是师，药师就是鞞杀社窭噜。
“薜琉璃钵喇婆“，薜琉璃是琉璃，钵喇婆是光，薜琉璃钵喇婆就是琉璃光。
”曷啰阇也“，就是王，薜琉璃钵喇婆，曷啰阇也，就是琉璃光王。
“呾他揭多也”，如来，我们常常讲的如来如去呀。
“阿啰喝帝”，应供，佛的十个称号。
“三藐三勃陀也”，正等正觉，前面讲正等觉。这就是归命药师琉璃光如来供正等觉世尊的意思，是归命词语。
“呾姪他”，这三个字就是：即说咒曰。下面就是正式咒语。
“唵”（音嗡）这个字要念淮确。这个唵不多解释了，是天地人集中的精华的东西，唵！我们人身体的精气神集中的东西，唵一一咒语的开头音，一般开头都是唵。
底下“鞞杀逝，鞞杀逝，鞞杀社”，头一个鞞杀逝是药，第二个鞞杀逝也是药，第三个鞞杀社还是药，就是药、药、药。第三个鞞杀社意思等于名词药，头两个鞞杀逝是动词，意思药之药之，治好他，治好他；药到，药到，病除，病除。你们以后念的时候不要专门想这个意思，这是咒语的意义之一。
一般念药师咒治病的时候，比如我的指头不大方便，念时，鞞杀逝、鞞杀逝（轻声念），“鞞杀社”就是我不方便的地方、病的地方，前面“鞞杀逝，鞞杀逝”，就是祈求药师如来药的加持来治我的病，做观想。“三没揭帝”是普遍救度，不是治你一个人的病，所有人的病我都医。“莎诃”，是迅速成就，快！迅速治好他。
发音注解：
南谟：读作（nā那 mó摩），或读（ná拿 mó摩）（今人读此音居多），是“南无”的不同音译词。
薄：读音为（bó伯）。
鞞：有三种读法：（pí皮）、（bǐ比）、（bǐng丙）。这里念（pí皮）比较合适。因鞞通毗，“鞞杀社”，也译成“毗煞社”；“阿鞞跋致”，也译成“阿毗跋致”；“鞞嚧社那”，也译成“毗卢舍那”。（见《佛学大辞典》。）
窭：读作（jù巨）。
薛：读（bì毕）。
喇：古读（là辣），见《康熙字典》、《中华大字典》：音辣。今读（lǎ）（lā）（lá）。
喝啰阇也：此句中的“喝”，应读成（hé合），古音“合”。
阿啰喝帝：此句中的“喝”，通“诃”，所以应该读作（hē诃）。
啰：各地多读成（là辣），此字与喇通假。
阇：读作（shé）。
怛（dá答）他（tuō拖）揭多也。
怛（dá答）侄（zhí直）他（tuō拖）。
唵：读（ōng嗡）或读（ǎn俺）。藏语系佛教读（ōng嗡）音，汉语系佛教多读（ǎn俺）音。
三没（mó古音模）揭帝莎（suō通娑）诃。
功德简介：
此咒有大威德，若能念诵药师真言，即可消除病苦，延年益寿。
如言：“曼殊师利！若见男子女人有病苦者，应当一心，为彼病人，常清净澡漱，或食，或药，或无虫水。咒一百遍，与彼服食，所有病苦悉皆消灭。若有所求，志心念诵，皆得如是，无病延年。命终之后，生彼世界，得不退转，乃至菩提”。
此言于此真言若自诵，若教人诵，皆得消灾获福者也。
“药师灌顶真言”治理众生，使得消灾免难、去病却苦。修持读颂能拔一切业障、护持身心安康、得无量福慧。
由于药师如来的弘深誓愿，无尽功德，一方面促使众生早成佛道，另一方面也能满足众生现世的安乐和福报。清朝的玉琳国师一读《药师经》，便额手失声，愿人人入如来的愿海。国师的《药师经》题语说：“予见世人顺境沦溺者不一，富贵可畏甚于贫贱。今此如来，使人所求如愿，遂从此永不退道，直至菩提。则欲于王臣长者，一切人中，作同事摄，不乘如来愿航，何从济乎？”
又说：“若于现前富贵功名，未能志清，男女饮食之欲，未知深厌，则于往生法门，未易生信。即信矣，身修净土，而心恋娑婆，果何益乎？则求其不离欲钩，而成佛智，处于顺境，不致沦胥者，固无如修持药师愿海者之殊胜难思也。若能信行，久久不懈，知不独富贵功名，转女成男，难危迪吉，如如意珠，随愿成就。即得于一切成就处，直至菩提，永不退转，何幸如之！人间亦有扬州鹤，但泛如来功德船。”
《药师灌顶真言》常诵读得福，获健康。超治愈